שלושה ספרים
רבי נתן מסביר את הכינויים:
…הַסֵּפֶר שֶׁנִּשְׂרַף אָנוּ מְכַנִּין בְּשֵׁם סֵפֶר הַשֵּׁנִי, כִּי כָּל אֵלּוּ הַסְּפָרִים שֶׁנִּדְפְּסוּ הֵם בְּחִינַת סֵפֶר הָרִאשׁוֹן כִּי כֻּלָּם הֵם בְּחִינַת נִגְלֶה שֶׁלּוֹ (אַף־עַל־פִּי שֶׁאֵצֶל כָּל הָעוֹלָם…
ועל השלישי, באותו סימן: "ועוד היה לו ספר שלישי והוא ספר הגנוז שלא נגע בו שום יד אדם ולא שזפתו עין והוא בחינת רזין דרזין שלו" (חיי מוהר״ן · חלק א׳ · אות קע״ה).
הספר השני: ההעתקה וההפצה בסוד
רבי נתן העתיק את הספר בשנת תקס״ו: "וזה הספר השני העתקתי לפניו" (חיי מוהר״ן · חלק א׳ · אות קע״ה). ועל שעת הכתיבה הוא מספר שרבי נחמן שאל אותו אם הוא יודע מה הוא כותב, וכשענה שאינו יודע כלל, השיב: "אין אתה יודע מה שאין אתה יודע" (חיי מוהר״ן · חלק א׳ · אות ק״ע).
ומה נעשה בהעתקה:
הַסֵּפֶר הַשֵּׁנִי הַנִּשְׂרַף הָיוּ בוֹ אַרְבָּעָה חֲלָקִים. הַסֵּפֶר הַנַּ"ל מְסָרוֹ תְּחִלָּה לְיַד שְׁנֵי אֲנָשִׁים מֵאַנְשֵׁי־שְׁלוֹמֵנוּ ר' יוּדְל וְר' שְׁמוּאֵל אַיְיזִיק וְצִוָּה עֲלֵיהֶם לִנְסֹעַ בַּעֲיָרוֹת וְלוֹמַר בְּכָל עִיר וָעִיר מְעַט מִזֶּה…
השריפה בלמברג, תקס״ח
בחיי מוהר״ן:
בְּלֶמְבֶּרְגְּ בֵּין פּוּרִים לְפֶסַח בִּשְׁנַת תקס"ח הָלַךְ אֶל חֶדֶר מְיֻחָד וּבָכָה הַרְבֵּה מְאֹד שָׁם וְקָרָא לְר' שִׁמְעוֹן וְדִמְעָתוֹ עַל לְחָיָיו וְנֶאֱנַח וְאָמַר אֵין עִם מִי לְהִתְיַעֵץ. וְסִפֵּר לוֹ אָז מֵעִנְיָן בַּאֲשֶׁר שֶׁיֵּשׁ לוֹ סֵפֶר…
ושם מבואר מה עמד על הפרק: "כי ראה שמכרח להסתלק שם בלמברג אך אם ישרף זה הספר יוכל לחיות". בסוף נתן לרבי שמעון את המפתח, וציווה עליו לנסוע לברסלב ולשרוף "שני ספרים", כתב ידו וההעתקה של רבי נתן (חיי מוהר״ן · חלק א׳ · אות קס״ט).
מי יבין בו
על הספר שנשרף אמר "שאין מי שיודע בו דבר כיאם צדיק גדול חד בדרא וגם שיהיה חכם בכל השבעה חכמות" (חיי מוהר״ן · חלק א׳ · אות קע״ב). ורבי נתן מוסיף ששמע מפיו "שצדיק לבד לא יבין בו דבר וכן חכם בלבד לא יבין אותו גםכן" (חיי מוהר״ן · חלק א׳ · אות קע״ג).
על תוכנו נשמר בחיי מוהר״ן פרט אחד, והוא בלשון שמועה: "שמעתי ששם היה מבאר סוד גדל קדשת ומעלת מצות הכנסת אורחים" (חיי מוהר״ן · חלק א׳ · אות תקע״ד).
ברסלב
רבי נתן כותב על השנים בברסלב: "כי בכאן נגמרו הספרים הקדושים הנדפסים, ופה חבר הספרים הנעלמים מעין כל חי, הינו מה שנשרף וספר הגנוז" (חיי מוהר״ן · חלק א׳ · אות קט״ו). על חלקו של רבי נתן בכתיבה ובהעתקה ראו רבי נתן מנמירוב.